斯坦福大学的应用物理学系在纳米科技与量子工程、激光与加速器、冷凝物质物理学以及实验与理论生物物理学方面成果显著。其中纳米科技与量子工程的研究内容包括人体系统(DNA聚合酶与石墨烯等)纳米级现象的特征描述与建模,纳米级探测与成像、量子测量与控制、以及原子、干涉法、量子简并气体的应用等。激光与加速器的研究包括LISA与LIGO等激光的精切测量、极速激光光谱与极速量子控制、利用X射线的阿托秒原子级成像等等。该系在此类领域的中的前沿研究不胜枚举。而要取得应用物理学理科硕士学位需要完成45units的课程。
本专业毕业的学生可在工业、政府机构以及应用科学领域都有很多的就业机会。毕业生未来也可以理学或计算机科学教师,也可以成为政府、学校、科研机构的物理科学研究人员、应用物理专家、科学研究室专家等。