托马斯杰斐逊大学坐落于美国宾夕法尼亚州中心城市费城。

19世纪早期，宾夕法尼亚州的一些医生试图建立该州的第二所医学院，但遭到宾夕法尼亚大学医学院校友的阻挠。最终在George McClellan等医生的努力下，在1825年于杰斐逊大学（现华盛顿与杰弗逊学院）成立了单独的医学院。

1844年，杰斐逊在第十大道和桑瑟姆街开设了提供床铺的医院。1877年成为全美最早的医学院附属医院之一。

1891年成立了护理学院。1969年7月1日，医学院独立称校，校名“托马斯杰斐逊大学”。托马斯杰斐逊大学也是杰弗逊的卫生系统中较早成立的机构。托马斯杰斐逊大学是全美现存最早的第九所医学院。

托马斯杰斐逊大学医院是其附属医院，也是全美最早的医学院附属医院之一，在2013-2014年U.S. News & World Report 全美医院排名中名列第17名。

2014年6月17日，Sidney Kimmel向托马斯杰斐逊大学医学院捐赠1.1亿美元，由此医学院正式更名“Sidney Kimmel医学院”。 在2015年U.S. News & World Report 排名中，Sidney Kimmel医学院在全美研究机构中排名第63位。

托马斯杰斐逊大学由六个学院组成：Sidney Kimmel医学院，杰斐逊研究生院，职业健康学院，护理学院，药学院以及公共卫生学院。

托马斯杰弗逊大学医院共7200名员工，其中1176名医生，1848名护士。2013财年，托马斯杰弗逊大学医院入院46386人次，门诊475031人次，急诊118590人次，财政收入47.8亿美元。2013-2014年度，托马斯杰斐逊大学医院在全美排名第17位，骨科全美排名第8位，呼吸科排名全美第14位，康复学排名全美第16位，肿瘤科排名全美第17位，内分泌科排名全美第18位，五官科排名全美第19位，泌尿科排名全美第20位。

Sidney Kimmel医学院是全美最大的私立医学院之一，2015年Sidney Kimmel医学院在全美研究机构中排名第63位。职业健康学院在全美排名前十。护理学院毕业生在全美职业考试中成绩排名宾州第一，120年来，护理学院在培养临床护士方面一直处于全美领先地位。

Scott Memorial图书馆是区域最大的医科图书馆，共有藏书220,000册，以及超过6000种电子期刊。托马斯杰斐逊大学每年总科研经费超过8800万美元，以及1500余项科研项目。